个人所得税是公司直接扣的。这笔钱实际是在银行转账的时候，由银行代扣代缴进入国库的。如果是个体经营户，应该由付款方代扣代缴，未代扣代缴的由本人到税务机关进行申报缴纳。所以公司这种行为是合法的，如果它不履行代扣代缴的责任，税务机关会对它进行处罚。
个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间，在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。
 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国个人所得税法》
第规定，
个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴税款报告表。所以个人所得税是由公司代扣，而非银行代扣个人所得税。